曾幾何時，神秘生物奇居子入侵太陽系，致使人類流離失所，只能乘坐行星般大小的巨型飛船希德尼婭流浪在茫茫宇宙中。如是過了漫長的一千年，而今希德尼婭的居民們已有一百年未曾遭遇奇居子，不過他們從未放鬆警惕，培養了一代又一代操縱人形兵器“衛人”的駕駛員。某天，居住在地下的青年穀風長道（逢坂良太配音）迫於飢餓爬到地面，偷米後被人抓住，後在艦長（大原沙耶香配音）的授意下成為衛人駕駛員第628期的訓練生，在這裡他見到了有過一面之緣的善良女孩星白閒（洲崎綾配音）、友好的第三性人科戶瀨伊扎那（豐崎愛生配音）以及高傲剛愎的岐神海苔夫（櫻井孝宏配音）等人。未幾，少年們外出執行採集任務，甚至卻遭逢百年不見的奇居子。沉寂已久的宇宙戰爭再度拉開帷幕……本片根據貳瓶勉的漫畫原作改編。