故事發生在未來時代，由於宇宙戰亂不斷，大批外星人紛紛到地球避難。這裡所說的黑衣人是專門對付外星人的特殊平平安安，他們的職責就是監視在地球上生活的外星人以及外星人對地球有什麼舉動。
　　K和J是MIB的成員，他們的任務就是監督外星人在地球上的活動。然而在一聯串調查未登記外星人訪地球記錄時，K和J竟發現銀河中的恐怖份子正秘密的行動準備刺殺另一星球的大使。由於這個舉動將引起宇宙間的征戰、世界將面臨崩潰，K和J必須在地球被外星人渣毀滅前找到這批恐怖份子。K和J這對黑白搭檔就到處對付奇形怪狀的外星人，結果卻笑料百出，他們到底能不能完成任務呢……
　　這是根據1997年票房破億的科幻強片《黑衣人》改編的動畫系列劇集。那部電影改編自威爾.坎寧漢的同名漫畫，原版漫畫其實不是特別有名的，不過在鬼才導演巴里·索楠菲爾德和監製斯蒂文·斯皮爾勃格的改裝後，再加上威爾·史密斯和湯米·李·瓊斯的精彩配合。本片給觀眾帶來了極強的娛樂效果。