持續在世界各地進行修業之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），歷經長途跋涉終於來到了位於山谷丘陵處的目的地阿拉莫斯鎮。小鎮上聳立著象徵時間與空間的時光之塔，新一輪的神奇寶貝競賽將在塔的下方舉行。小智一行走錯了路，卻由此結識當地的美麗女孩艾麗絲（加藤ローサ 配音）。緊張的戰鬥與快樂的遊玩，卻未察覺危險正悄悄逼進。小智遭到噩夢精靈達庫萊伊的襲擊，雖然達庫萊伊被當地所有人討厭，但是它似乎想將某種危險、恐怖的信息及時傳給小智一行，關於時空之塔的秘密即將揭開…… 本片為神奇寶貝系列第十部電影劇場版。