本作是為了紀念在1996年起開始的《遊戲王》系列漫畫連載二十週年所推出的動畫電影。在跨越無數的試練後，武藤遊戲與身體內的另一人格“暗遊戲”進行最終決戰並獲勝，在作出正式訣別後踏上各自的旅途。在經歷一段時間後，遊戲等人重新迴歸平凡的生活。然而，一名自稱藍神的神秘少年卻出現在他們的眼前。另一方面，將暗遊戲視為勁敵的海馬瀨人，在暗遊戲消失的地方發掘“千年積木”並打算將其重新完成，試圖再度復活暗遊戲。