當初為了避開巨人的進攻，人類修建了地下街道，不過這項企劃很快廢止，地下街最終成為貧民與無法之徒的棲息之所。利威爾（神谷浩史 配音）和法蘭是一對好朋友，他們自行學會了立體機動裝置，渴望有朝一日沐浴在陽光雨露之下。偶然的機會他們救助了被人追殺的女孩伊莎貝爾，伊莎貝爾則懇求二人教她使用立體機動裝置。在此之後，他們被神秘政客召喚，要求執行一項絕密任務，以贏得地面居住權。行動中他們遭到調查團的追捕，埃爾文·史密斯（小野大輔 配音）欣賞利威爾等人的實力，於是將其招入調查團中。
三個少年如願走上地面，不過他們仍沒忘記未完成的任務……