《超級機器人大戰·原創世紀》的背景是新西曆，人類正式開始進出宇宙2世紀，但因為2次大型隕石的墜下，人們的生活還是維持在21世紀初。到了新西曆179年，第3顆隕石“流星3(メテオ3)”墜落於南太平洋的マーケサズ群島海面。地球連邦政府經過調查，發現是由人類未知的技術製造的物體，這種地球以外的技術被稱為EOT(Extra over technology)。地球連邦政府組成了“EOT特別審議會”和“EOTI機關”進行調查。然後EOTI機關的代表比安博士發表了研究結果，表示地球有被宇宙以外的生命體侵略的危機。從此，人型機動兵器：Personal Trooper的研究開始了。