在戰鬥的最後取回了自己的世界，各自回到自己應在之處的Gatchaman=健、Tekkaman=城二、Polimar=武士、卡辛=鐵也四人。但他們為了某個目的，而和笑一同再次跨越時空，降臨同一個世界。那裡，是威脅和平的人類之敵“惡魔黨”大施淫威，與之對抗的Gatchaman率領的“科學忍者隊”不停戰鬥的世界。但，在對於這個世界的樣子感到違和感的他們面前，一個男人的身影出現了。那是科學忍者隊的創設者南部博士。對本應相識的健露出詭異表情的南部，向英雄們說出了意想不到的話語。“看來你們似乎是我的敵人”……。此外，還有一個一直在樓頂窺視他們的身影。那是曾和健一同並肩對抗惡魔黨的，科學忍者隊No.2。其名為“神鷹喬”。四大英雄的全新激鬥，將在銀幕上拉開帷幕！