未來世界，人類文明高度發達，智能機器人大量湧現，已在日常生活中佔據重要的位置，而且人類為了獲得永恆的生命，也嘗試將自己改造為機器人。同時，一列名為“銀河鐵道999號”的宇宙列車擔負起連接地球和宇宙文明的使命，星系從此不再遙遠。
　　少年星野鐵郎（野沢雅子 配音）的母親被嗜好殺戮的機械伯爵殺害，他肩負母親的囑託，決定前往安達羅星雲改造身體，為此不惜在車站搶奪他人的銀河鐵道999號車票，不過也因此邂逅了容貌與母親極其相像的梅蒂爾（池田昌子 配音）。憑藉梅德爾的幫助，他終於踏上999號列車，繼而展開一段充滿未知的旅程……
　　本片為《銀河鐵道999》第一部劇場版動畫。