平凡的中學生鹿目圓（悠木碧配音）有一個美滿的家庭，在生活中她是個性格溫順又有愛心的好孩子。轉學生曉美焰（齋藤千和配音）的出現打破了小圓平靜的生活，這個性格酷酷又體弱多病的黑長直少女似乎對小圓有著什麼難言之隱。命運中的相遇出現了，小圓在路邊救下了一隻渾身是傷的奇怪動物，沒想到這隻動物居然會說人類的語言。它告訴小圓它的名字叫丘比（加藤英美里配音），並且提出了一個特殊的要求，它希望小圓能夠和它簽訂契約成為魔法少女。魔法少女是這個世界中一種特殊的存在，她們肩負著和魔女戰鬥的使命，作為報酬，丘比可以實現她們任意的一個願望。在戰鬥的過程中，小圓發現魔法少女這個職業並非故事裡所描繪的那麼美好，隨時有著犧牲的可能。並且，隨著戰鬥的升級，一個關乎於她自己的殘酷真相正在逐步的浮出水面。